消毒工作对于畜牧养殖业来说意义重大，不仅能切断畜禽的病原体传播途径，控制传染病的发生和流行，防止动物源性病原微生物的感染，还能防止畜禽群体及个体的交叉感染，保证养殖业健康发展。可分为：
预防性消毒：也就是养殖场的常规消毒，是日常对养殖环境、人员、用具、饮水等所进行的消毒，目的就是防止有害病菌在场区存活和传播引发疾病。
紧急消毒：就是发生传染病时，采取得对病原微生物紧急处理的消毒措施，消毒对象包括圈舍、运动场地、病畜禽的分泌物、粪便、尿液、胎衣，生产用具、场区环境等等。需要针对病原微生物的种类在短期内反复加强消毒，消灭传染源。
终末消毒：当病畜禽痊愈或死亡后，或者发生疫情解除封锁之前，为了全面彻底消灭病原微生物进行的最后一次大消毒。
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